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環境大臣が指定する、自然環境を保全する必要性が特に高い地域（自然環境保全法第22条）。 なお、「自然環境保全地域」は自然公園の区域を含まない。指定されると、建築物の建築、工作物の建築、宅地造成、海底の形状変更、土石採取、特別地区内の河川湖沼の水位・水量に影響をおよぼすような行為をする場合には、30日以上前に環境大臣へ届出をすることが必要（自然環境保全法第28条）。